Nel bacino dell'Arzilla col passare degli anni si � avuta una progressiva e rapida modificazione delle caratteristiche territoriali: l'abbandono delle terre, il cambiamento delle tecnologie colturali e i mutamenti delle caratteristiche di copertura e permeabilit� di vasti territori (il bosco del Beato Sante nel 1700 arrivava nelle vicinanze dell'abitato di Novilara). Tali fattori conducono, in termini idrologici: alla riduzione dei tempi di corrivazione e alla vistosa diminuzione dei volumi d'invaso superficiale; ambedue questi fattori agiscono nel senso di far aumentare il rischio d'alluvionamento.
Da informazioni locali, sembra che esondazioni e danni siano pi� frequenti da trent'anni a questa parte.
La relazione di sistemazione idraulica del T. Arzilla dal ponte alla foce (Ing. Zoccoli) commissionata dal Genio civile di Pesaro fornisce indicazioni circa i due grossi eventi alluvionali del 1979.
Durante l'esondazione dell'11.11.1979 si verificarono danni di particolare gravit� negli ultimi 4 Km. del Torrente; tale evento fu preceduto da una serie di cospicue precipitazioni, su una vastissima area, comprendente anche il bacino del T. Arzilla.
Il suo stato fisico durante l'evento alluvionale dell'11.11.1979 fu probabilmente il seguente: scarso o nullo potere di assorbimento da parte dei terreni, vegetazione spoglia, notevole deflusso superficiale, diffuso stato di abbandono e di dissesto erosivo delle sponde, ecc.
Un secondo evento alluvionale, analogo al precedente, anche se leggermente meno gravoso, si present� il giorno 18.11.79 dando luogo a nuove esondazioni. Questo evento si verific� a una sola settimana di distanza dal precedente, trovando quindi i terreni ancora parzialmente saturi d'acqua e perci� inadatti all'assorbimento e alla ritenzione di rilevanti percentuali di precipitazione. Gli effetti delle alluvioni furono particolarmente intensi nell'asta terminale del torrente Arzilla, compresa fra il ponte Autostradale (Zona Fenile) e il mare. Oltre ad esondazione di terreni ed edifici posti in vicinanza del corso d'acqua, al sormonto e alla distruzione di ponticelli in legno e in cemento armato, si ebbero fenomeni alluvionali significativi entro l'abitato stesso della citt� di Fano. Presso Orto Muratori (paleomeandro), le acque uscirono dall'alveo in sponda destra, sormontando un argine (probabilmente superando di circa 0,8 metri la quota arginale), ivi esistente e riversandosi copiosissime in un intero quartiere dell'abitato di Fano, per poi rientrare pi� a valle loro letto.
Infine, vi furono esondazioni contenute peraltro nei terreni coltivati, lievemente concavi. In tale occasione fu sommersa di oltre 2 metri un'abitazione con pianterreno a quota 12,74 mslm.
Inoltre si svilupparono imponenti fenomeni d'erosione regressiva sulla sponda (esterna) sinistra del corso, che provocarono il crollo di una soglia in gabbioni e muratura del rilevato; anche l'alveo, subito a valle, presentava segni di profonda erosione, dovuta al formarsi del risalto idraulico. L'erosione distrusse una soglia di fondo, creata a poche centinaia di metri dalla costa nell'intento di contenere la risalita delle maree nel letto del torrente Arzilla.
Nel 1979 si riscontr� una notevole riduzione delle sezioni di deflusso per la presenza di tronchi, detriti, sterpaglie. Inoltre tronchi trasportati dall'onda di piena alla velocit� di 3-4 m/s avrebbero potuto sfondare argini ed altre opere di difesa spondale.
Dopo il 1979 nel tronco terminale del T. Arzilla, compreso fra il ponte Autostradale e il mare, si sono concentrati gli interventi di regimazione per in relazione ad una situazione caratterizzata da grande pericolosit�.